În comuna Mânăstirea se află două situri arheologice de interes național, ambele lângă satul Sultana: așezarea din perioada Latène aflată în punctul „Ghețărie” din estul satului, pe Valea lui Malciu; și o necropolă neolitică aparținând culturii Boian, aflată pe „Valea Orbului”, la gura unei văioage în apropierea satului Curătești. Tot de importanță națională este și biserica „Sfântul Dumitru și Sfântul Nestor” din satul Mânăstirea, de la intersecția dintre DN31 și DJ303, monument de arhitectură datând din perioada 1648–1660.

În rest, cinci alte obiective din comună sunt incluse în lista monumentelor istorice din județul Călărași ca monumente de interes local. Trei dintre ele sunt situri arheologice, toate datând din perioada Latène — necropola de la „piscul Coconi” (lângă satul Coconi, pe malul Mostiștei); așezarea de la „Vadul Vacilor”, de pe terasa înaltă a lacului Mostiștea, tot lângă Coconi; și așezarea de „la Cărămidărie”, de la sud de iezerul Mostiștea, lângă satul Mânăstirea. Unul este monument de arhitectură, este vorba despre casa Tudor St. Ioan din Coconi, ridicată în 1938. Al cincilea este mormântul scriitorului Alexandru Sahia, originar din comună, mormânt aflat pe partea stângă a șoselei DJ303 spre Coconi, mormânt amenajat în 1938 și clasificat ca monument memorial sau funerar.